马桶被纸堵了有可能会自通，但这取决于多种因素。

如果堵塞的纸张较少，且马桶的排水坡度、管径等设计合理，水流相对较大且具有一定冲击力，那么在持续冲水的情况下，纸张有可能被水流逐渐冲散并顺着管道排出，实现自通。

然而，要是堵塞的纸张较多，形成了较大的纸团，或者马桶本身排水能力有限，比如老旧马桶管道有一定程度的污垢堆积，管径变小等，自通的可能性就比较小。

若马桶被纸堵了长时间未自通，你可以采取一些措施。比如使用皮搋子，在马桶里加些水，保证皮搋子能完全盖住排水口，然后快速上下抽动皮搋子，利用压力差把堵塞物冲下去；也可以用管道疏通剂，它能分解纸张等堵塞物，但要注意按照说明使用，避免对管道造成损伤。总之，马桶被纸堵了不一定能自通，当自通无望时，可借助一些工具和方法来解决堵塞问题。